Keskerakonna esimeheks sai Edgar Savisaar selle loomisel, 12. oktoobril 1991. 1995. aasta oktoobris lahkus ta sellelt kohalt niinimetatud lindiskandaali tagajärjel.
22. septembril 1995 läbiotsimisel avastati ja võeti ära eradetektiivibüroo AS SIA ruumidest Välja tänav 20 Tallinnas dokumente, heli- ja videosalvestusi, mis viitasid ebaseadusliku jälitustegevuse toimepanemisele aktsiaseltsi töötajate poolt. Osal helikassettidel on jäädvustatud Eesti poliitikute kõnelused, kusjuures kõikidel salvestustel esineb toonase siseministri Edgar Savisaare hääl.
10. oktoobril 1995 teatas siseminister Edgar Savisaare nõunik Vilja Laanaru (hilisem E. Savisaare abikaasa Vilja Savisaar), et tema lindistaski salaja skandaali põhjustanud kõnelused poliitikute vahel. Poliitikuid oli salaja jälgitud ja pealt kuulatud ka ühes valitsuse residentsis.
Savisaart süüdistati enda ja teiste poliitikute vaheliste kõneluste ebaseaduslikus lindistamises. Lindiskandaali tagajärjel astus Tiit Vähi teine valitsus tagasi ja Keskerakonna asemel sai valitsusse Reformierakond.
Keskerakonda juhtis mõnda aega Andra Veidemann. 30. märtsil 1996 naases Savisaar Keskerakonda juhtima, ning on teinud seda viimase ajani.
1996. aastal kirjutatud ülevaadet lindiskandaalist loe SIIT ja SIIT.
Koostöölepe Ühtse Venemaaga
2004. aastal sõlmis Keskerakond koostööleppe Venemaa võimuparteiga Ühtne Venemaa. Koostöölepe tekitas Eestis tõsise kriitika, vastuseisu avaldasid peaaegu kõigi riigikogus esindatud erakondade liikmed.
Mitu Keskerakonna parlamendifraktsiooni liiget avaldasid lepingule vastuseisu ja tahtsid parteist lahkuda.
Riigikogu väliskomisjoni Res Publicasse kuuluv esimees Marko Mihkelson avaldas Postimehes arvamusartikli, milles märkis, et koostöölepe Keskerakonna ja Ühtse Venemaa vahel teeb teoks Venemaa juhtide ammuse unistuse saada Eestisse oma poliitiline käepikendus. Savisaar kirjutas omalt poolt, miks koostöölepe siiski hea on.