Tõnisson sündis 22. detsembril 1868. aastal praeguse Viljandi valla piiridesse jäävas jõukas Mursi talus viienda lapsena ajal, kui siinmail hakkas tekkima vaba talupoeg. Koos sellega tekkis ja arenes ka eesti talupojale omane mõtteviis, mida tänapäeval nimetatakse talupojatarkuseks, ja mille põhilised märksõnad olid töökus, kasinus, õiglus, kõlblus ja rehnutt. Need varases nooruses omandatud väärtused saatsid Tõnissoni kuni tema teadmatusse kadunud elu lõpuni.
1878. aasta sügisel alustas Tõnisson kooliteed Tusti külakoolis, mille lõpetamise järel jätkusid tema õpingud juba Viljandi linnas, kõigepealt Viljandi kihelkonnakoolis ja sealt edasi Viljandi saksakeelses elementaarkoolis. Isa surma tõttu pidi vanem poeg kreiskooli pooleli jätma, väljavalituks sai Jaan, kes pidi korraliku hariduse saama. Tema haridusteed toetas igati nüüd sünnitalu peremeheks saanud vend Mats, kellega Jaan oli käinud Viljandi Põllumeeste Seltsi maja nurgakivi panemisel ja seal esimest korda ka oma iidolit C. R. Jakobsoni näinud.