Suurt rolli mängib kokkuleppes ka hea teadustava, mille allkirjastasid Eesti ülikoolid ja uurimisinstituudid 1. novembril. Rektorite kokkulepet hiljem selgitades on Tartu Ülikooli prorektor Erik Puura öelnud, et teadlaste vabadust oma professionaalset arvamust avaldada ei saa lepe kuidagi ohustada, kuna kokkuleppe esimene punkt sätestab, et ülikoolid lähtuvad juba varem vastu võetud hea teadustava kokkuleppest. Lugedes head teadustava, ilmneb veel üks omalaadne nüanss.
Hea teadustava näeb ette, et «Esinedes avalikkuse ees, osutab teadlane selgelt, kas ta esindab isiklikke seisukohti või teadusasutuse ametlikke seisukohti». Kombineerides seda lauset rektorite kokkuleppe punktidega, mis näevad ette ühtsete tulemuste väljatöötamist ning kõneisikute kasutamist, jääb arusaamatuks, kuidas peab teadlane käituma olukorras, kus ta teavitab avalikkust, tuginedes oma ametist tulenevale teaduslikule pädevusele ja taustainfole (st ei esita isiklikke seisukohti), kuid ei esinda samal ajal teadusasutuse ametlikke seisukohti.
Rektorite kokkuleppe teise punkti järgi võib teadlane ülikoolide nimel ja ülikoolide kaubamärke kasutades väljendada teaduslikult põhjendatud, tasakaalustatud ja koordineeritud seisukohti. Seega näib selle punkti eesmärk olevat see, et teadlane tohib oma institutsionaalset seotust (ülikooli nimi on kaubamärgi osa) näidata ainult siis, kui peale teadusliku põhjenduse, mis on niikuinii teadlase eetiline kohustus hea teadustava kontekstis, on arendusprojektiga seotud seisukoht ka «koordineeritud».
Kokkuleppe tekstis tuuakse ka esile, et kolme ülikooli hinnangul on paratamatu, et suured, rahvusvaheliselt konkurentsivõimelised projektid kasutavad olulisel määral Eesti ressursse ning on ka paratamatu, et arendusprojektidega kaasnevad suured sotsiaalmajanduslikud ja keskkonnamõjud, vastasel juhul on ühiskonna edenemine raskendatud.