Haridusministeerium eraldab õpetamise kulude katteks nn pearaha, kusjuures pearaha summa erakoolis õppiva lapse kohta on võrde munitsipaalkoolis õppivale lapsele eraldatava summaga. Samas munitsipaalkoolide puhul ei tohi koolid võtta lapsevanematelt õppemaksu. Lisaks sellele sundis riik 2010. aastal riigikogus ootamatult tehtud seadusemuudatusega omavalitsusi kinni maksma kõik erakoolide kinnisvara ülalpidamisega seotud kulutused. See omakorda tekitas olukorra, kus ühe erakooli õpilase kohta kulutati haridusministeeriumi andmetel 1,6 korda rohkem maksumaksja raha kui munitsipaalkooli õpilase kohta.
Erakoolides on tavaliselt klassikomplektid väiksemad kui munitsipaalkoolis, mistõttu hoonete majandamisega seotud kulutused ühe lapse kohta kipuvad olema kõrgemad kui tavakoolis. Ka ei tohiks unustada asjaolu, et erakoolil on veel õigus võtta lapsevanemate käest õppemaksu.