Samadel põhjustel oli 1922. aasta septembris kogunenud Serbia linnas Sremski Karlovcis emigreerunud Vene Õigeusu Kiriku vaimulikud, kes järgisid patriarh Tihhoni 1920. aasta juhiseid olukorraks, kus side patriarhiga on katkenud, ja asutasid nn Karlovci sinodi ehk Vene Õigeusu Kiriku väljaspool Venemaad. 1925. aastal patriarh Tihhon suri ning patriarhitool jäi tühjaks aastani 1943.
Nõukogude ja saksa okupatsioonist tänapäeva
7. juulil 1923 andis patriarh Meletios IV tomosega (patriarhliku õigusaktiga) nr. 3348 EAÕK-le autonoomse kiriku staatuse Oikumeenilise patriarhaadi kanoonilises jurisdiktsioonis. 1920.–1930. aastatel esines eesti- ja venekeelsete õigeusukogukondade vahel pingeid, mille põhjus oli venelastest õigeusklike ajaloolis-rahvuslik side Moskva patriarhaadiga või uues olukorras sidemete otsimine Vene Õigeusu Kirikuga väljaspool Venemaad.
Venekeelsete koguduste, eelkõige aga Petseri kloostri munkade natsionalism oli probleem nii Eesti riigivõimule kui EAÕK juhtkonnale ning konflikt taandus alles 1930. aastatel. Sarnased konfliktid esinesid ka näiteks Soomes ja Lätis.
Koos nõukogude võimuga 1940 saabusid Eestisse ka VÕK esindajad, kelle jaoks oli EAÕK põhjustanud kirikulõhe, minnes Oikumeenilise patriarhaadi kanoonilisse jurisdiktsiooni. See kirikulõhe tuli ületada. Esimesel nõukogude okupatsiooniaastal arreteeriti 18 õigeusu vaimulikku, neli vaimulikku hukati ning viis mobiliseeriti punaarmeesse. Nõukogude võimu asendumine Saksa okupatsioonivõimudega tegi küll metropoliit Aleksandril 1942. aastal võimalikuks taastada kiriku iseseisvus EAÕK Tallinna Metropooliana, kuid EAÕK Narva piiskopkond jäi Saksamaa poolt okupeeritud territooriumil tegutseva VÕK Riia eksarhaadi osaks.
Vahetult enne NSV Liidu armee jõudmist Eestisse 1944 lahkus Eestist 23 EAÕK vaimulikku, nende hulgas metropoliit Aleksander. Nagu luterliku kiriku piiskop Johan Kõpp, nii asus ka metropoliit Aleksander kirikuelu korraldama eksiilis vastavalt oma kiriku põhikirjast tulenevatele õigustele ja kohustustele ning EAÕK säilitas põhikirjalise järjepidevuse vastavalt oma 1935. aasta põhimäärusele. EAÕK likvideeriti Eesti NSV-s 1945. aastal Vene Õigeusu Kiriku otsusega.