Rail Balticu suurim ebaõnnestumine on trassi kavandamine läbi Vahe-Eesti metsa- ja loodusmaastike vööndi. Püüti vältida olemasolevat raudteed ja inimasustusega alade läbimisega kaasnevaid konflikte ning suunati kiirraudtee nii sügavale loodusmaastikesse kui vähegi võimalik. Mitte küll otse kaitse- ja Natura 2000 aladele, kuid süsteemselt nende servadesse ja pahatihti neid üksteisest eraldades. Seejuures ei tehtud enne vajaliku täpsusega uuringuid nende alade elustiku, sh linnustiku kohta, et raudtee võimalik mõju tundlikele liikidele enne trassikoridoride otsustamist välja selgitada.
Tundlikud liigid ja haavatavad elupaigad
Selle tagajärjel on ohus mitme eriti haruldase liigi, nagu must-toonekure ja väike-konnakotka pesitsus- ja toitumispaigad. Kui palju jääb aga raadatavale metsamaale muid II ja III kaitsekategooria lindude elupaiku, sellest arendajatel ülevaade puudub. Peale raudteele enda on kavas sellest 50 kilomeetri raadiuses avada ligi sada ehitusmaavarade kaevandust, mille alla läheb samuti omajagu kaitsealustele liikidele sobivatest elupaikadest. Seda, et riiklikes registrites olevast andmetest ei piisa ja ilma eelnevate lisauuringuteta loodussäästlikku raudteed ehitada ei saa, näitab Pärnumaa metsiste lugu.